Ήταν 18 Απριλίου του 1988 όταν ιδρύθηκε η 331 Μοίρα με σκοπό την παραλαβή των νεοαποκτηθέντων αεροσκαφών Mirage 2000 EGM/BGM από την ΠΑ με έμβλημα τον ήρωα Θησέα.
Τα τέσσερα πρώτα αεροσκάφη προσγειώθηκαν στην αεροπορική βάση της Τανάγρας λίγες ημέρες αργότερα στις 27 Απριλίου 1988 και αμέσως άρχισε η εκπαίδευση των πρώτων Ιπταμένων από Γάλλους εκπαιδευτές. Σε σύντομο χρονικό διάστημα η Μοίρα στελεχώθηκε από έμπειρους Ιπταμένους μαχητικών αεροσκαφών, οι οποίοι επελέγησαν από διάφορες Μοίρες της ΠΑ.
Ο κύριος ρόλος της 331 Μοίρας ήταν η αναχαίτιση παντός καιρού. Για το σκοπό αυτό διέθετε στο οπλοστάσιό της βλήματα Magic II καθώς και S-530D τα οποία σε συνδυασμό με το ολοκληρωμένο σύστημα αυτοπροστασίας ICMS, έκαναν το Mirage 2000 EGM/Mk-I το πληρέστερο αποτρεπτικό όπλο του Αιγαίου.
Επιπλέον, την άνοιξη του 1999 προστίθεται ακόμη ένα όπλο υπεροχής, το βλήμα AM-39 EXOCET το οποίο εξακολουθεί να χρησιμοποιείται και σήμερα από την 332 Μοίρα.
Την 1η Μαρτίου 2007 η Μοίρα ξεκίνησε η προετοιμασία της παραλαβής των νέων αεροσκαφών Mirage 2000-5.
Στις 3 Μαΐου του ίδιου έτους τα πρώτα Μ2000-5 ICMS Mk-III προσγειώθηκαν στην 114 ΠΜ στην Τανάγρα.
Ακολούθησε η έναρξη εκπαίδευσης των Ελλήνων Ιπταμένων από Γάλλους Ιπταμένους της FAF και της DASSAULT έτσι ώστε τον Μάιο του 2008 να πραγματοποιηθεί η επιχειρησιακή αξιολόγηση της Μοίρας.
Η επιτυχής πορεία της Μοίρας συνεχίστηκε καθώς αναβαθμίστηκε με ακόμη πιο σύγχρονα όπλα όπως βλήματα MICA EM/IR και αλλά και το υποστρατηγικό βλήμα SCALP με το οποίο δύναται πλέον να εκτελέσει προσβολές στόχων εδάφους σε πολύ μεγάλες αποστάσεις.
Some historic pictures of those days… #Dash5 #Mirage2000_5 https://t.co/KNYyHSw6Kp pic.twitter.com/s5HK6TfK48
— AegeanDeltas331® (@AegeanDeltas331) April 18, 2020