Σε ταυτόσημα με την προανακριτική επιτροπή της Βουλής συμπεράσματα κατέληξε ως προς την επικεφαλής της Εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Τουλουπάκη και η έρευνα της Εισαγγελίας του Αρείου Πάγου.
Ο αντεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Ευάγγελος Ζαχαρής με την πορισματική αναφορά του που διαβίβασε στον προϊστάμενο της Εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθηνών Ευάγγελο Ιωαννίδη, για την υπόθεση της Novartis, ζητάει την άσκηση ποινικής δίωξης εις βάρος της για τα αδικήματα της κατάχρησης εξουσίας, παράβασης καθήκοντος, ψευδούς βεβαίωσης, παραβίασης υπηρεσιακού απορρήτου και παραβίασης δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα.
Παράλληλα, ο Ευάγγελος Ζαχαρής ανέφερε ότι για τους δύο επίκουρους εισαγγελείς Διαφθοράς, το Χρήστο Ντζούρα και το Στέλιο Μανώλη, δεν προέκυψαν επαρκείς ενδείξεις και η δικογραφία πρέπει να τεθεί στο αρχείο, ως προς αυτούς.
Από την άλλη, ο συνάδελφός του, Λάμπρος Σοφουλάκης, αναφέρει ότι δεν προκύπτουν στοιχεία εις βάρος της Ελένης Τουλουπάκη, αλλά προέκυψαν ποινικά αδικήματα πλημμεληματικού χαρακτήρα κατά πέντε άλλων προσώπων, του Ιωάννη Αγγελή, της Ελένης Ράικου, του Νικολάου Μανιαδάκη, του Κωνσταντίνου Φρουζή και του Νικολάου Μανία, και ζήτησε να ερευνηθούν αυτά από τον αρμόδιο εισαγγελέα Πλημμελειοδικών Αθηνών.
Στον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ιωάννη Αγγελή, ο Λάμπρος Σοφουλάκης καταλογίζει ψευδορκία και ψευδή καταμήνυση για όσα έχει καταθέσει σε εισαγγελικά γραφεία και στην προανακριτική επιτροπή της Βουλής που ερευνά την υπόθεση της Novartis. Επίσης, του καταλογίζει παράβαση καθήκοντος για τα στοιχεία τα οποία αρνήθηκε να παραλάβει από τους Αμερικανούς, αλλά και για την ανάσυρση από το αρχείο των μηνύσεων πολιτικών προσώπων, τις οποίες ο ίδιος είχε αρχειοθετήσει.
Στην πρώην επικεφαλής της Εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Ράικου καταλογίζει ψευδορκία και ψευδή καταμήνυση, για τις καταθέσεις της, όπως και για αποσιώπηση λόγου εξαίρεσης, εξαιτίας της ενδεχόμενης εμπλοκής του συζύγου της στην υπόθεση Novartis, ενώ στο Νικόλαο Μανιαδάκη καταλογίζει ψευδορκία και στους Κωνσταντίνο Φρουζή και Νικόλαο Μανία ψευδορκία και ψευδή καταμήνυση.