Με διαταγή του ΓΕΕΘΑ, αναχώρησε το βράδυ της Δευτέρας 11 Σεπτεμβρίου για τις πληγείσες περιοχές ο Ειδικός Διακλαδικός Λόχος Αντιμετώπισης Πυρηνικής – Βιολογικής – Χημικής Άμυνας (ΕΔΛΟ/ΠΒΧ) με κατάλληλο υλικοτεχνικό εξοπλισμό.
Η αποστολή του ΕΔΛΟ/ΠΒΧ θα είναι η εγκατάσταση 5 σταθμών απολύμανσης προσωπικού και μέσων σε κατάλληλα σημεία στην ευρύτερη περιοχή, στα οποία θα πραγματοποιηθεί απολύμανση των συνεργείων του προσωπικού των Ενόπλων Δυνάμεων που επιχειρεί στο πλαίσιο της συνδρομής τους, στην αντιμετώπιση των συνεπειών της πρωτοφανούς κακοκαιρίας που έπληξε την Θεσσαλία, και θα δύναται επίσης να απολυμανθούν και πολίτες σε συνεννόηση με τις τοπικές αρχές.
Η απόφαση του ΓΕΕΘΑ ελήφθη λίγες ώρες μετά τις προειδοποιήσεις των ειδικών για τους κινδύνους έξαρσης των μολυσματικών ασθενειών στις πληγείσες περιοχές από την έλλειψη πόσιμου νερού, τα χιλιάδες νεκρά ζώα αλλά και τις τροφές που ενδεχομένως να έχουν έρθει σε επαφή με τα νερά της πλημμύρας.
Όπως είναι γνωστό, το υπουργείο Υγείας έχει κρούσει των κώδωνα του κινδύνου για τα λοιμώδη νοσήματα στην Θεσσαλία και για το λόγο αυτό το Κέντρο Αναφοράς στο Εργαστήριο Δημόσιας Υγείας της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας έχει ήδη εγκαταστήσει σύστημα επιδημιολογικής επιτήρησης, προκειμένου να εντοπιστούν άμεσα πιθανά κρούσματα, γαστρεντερίτιδας ή άλλων μολυσματικών ασθενειών όπως η λεπτοσπείρωση.