Σύμφωνη με το Σύνταγμα, την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) και τον Γενικό Κανονισμό της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την προστασία των προσωπικών δεδομένων είναι η διαδικασία απαλλαγής των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης από το μάθημα των θρησκευτικών, αποφάνθηκε η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει γονείς μαθητών και η Ένωση Αθέων κατά της απόφασης του υπουργείου Παιδείας του 2022 η οποία προέβλεπε ότι για την απαλλαγή των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών από το μάθημα των θρησκευτικών υποβάλλεται αίτηση στον διευθυντή του σχολείου η οποία συγκεκριμένα θα αναφέρει: «Λόγοι θρησκευτικής συνείδησης δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή (μου ή του παιδιού μου) στο μάθημα των θρησκευτικών».
Η Ολομέλεια του ΣτΕ με τις υπ΄ αριθμ. 1534 και 1536/2023 αποφάσεις της (πρόεδρος η Ευαγγελία Νίκα και εισηγήτρια η σύμβουλος Επικρατείας Αικατερίνη Ρωξάνα) έκρινε ότι η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση δεν αντίκειται στις διατάξεις του Συντάγματος και της ΕΣΔΑ για τη θρησκευτική ελευθερία, «δεδομένου ότι η εν λόγω αίτηση γίνεται χάριν απαλλαγής από την επιβαλλόμενη από το Σύνταγμα και τον νόμο υποχρέωση παρακολούθησης του μαθήματος των θρησκευτικών».
Παράλληλα, το ΣτΕ έκρινε ότι η συλλογή και φύλαξη των αιτήσεων απαλλαγής από την παρακολούθηση του μαθήματος των θρησκευτικών από τον διευθυντή του σχολείου και η καταστροφή τους 3 μήνες μετά τη λήξη του σχολικού έτους, συνιστά μεν μη αυτοματοποιημένη επεξεργασία “ειδικών” δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα σχετικών με θρησκευτικές πεποιθήσεις, η οποία εμπίπτει στο πεδίο εφαρμογής του ΓΚΠΔ, αλλά η επεξεργασία όμως αυτή, «δεν παραβιάζει την αρχή της αναλογικότητας/ελαχιστοποίησης των δεδομένων, διότι διασφαλίζει την απαλλαγή για λόγους θρησκευτικής συνείδησης σε εκείνους που προβάλλουν τη σχετική αξίωση (άρθρο 13 παρ. 1 Συντ., άρθρο 9 ΕΣΔΑ), στα πλαίσια της υποχρέωσης του κράτους για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης (16 παρ. 2 Συντ.) με σεβασμό στις θρησκευτικές και φιλοσοφικές πεποιθήσεις των γονέων (άρθρο 2 ΠΠΠ ΕΣΔΑ), περιορίζεται δε σε κατάλληλα, συναφή και αναγκαία για τους σκοπούς της επεξεργασίας δεδομένα, απαραίτητα για την οργάνωση της εκπαιδευτικής διαδικασίας και της σχολικής ζωής».