O Μπιλ Γκέιτς, δείχνει την ευαίσθητη του πλευρά χρηματοδοτώντας φιλανθρωπικούς οργανισμούς και διαφόρων ειδών προσπάθειες βοήθειας για τους μη προνομιούχους ανθρώπους του πλανήτη.
Το 2000 αποφάσισε να δημιουργήσει μαζί με την σύζυγο του Μελίντα ένα ίδρυμα που φέρει τα ονόματα τους, Ιδρυμα Μπιλ και Μελίντα Γκέιτς, μέσω του οποίου να γίνεται οργανωμένα πλέον η φιλανθρωπική δραστηριότητα του μεγιστάνα της βιομηχανίας των υπολογιστών. Το ίδρυμα διαχειρίζεται δεκάδες δισεκατομμύρια δολάρια και συμμετέχει σε πλήθος ερευνητικών προγραμμάτων που στοχεύουν στην ανάπτυξη νέων θεραπειών για διάφορες ασθένειες που εξοντώνουν μαζικά ανθρώπους στον πλανήτη αλλά και προγραμμάτων για την βελτίωση της διατροφής και των συνθηκών διαβίωσης δισεκατομμυρίων ανθρώπων.
Το ίδρυμα χρηματοδοτεί προγράμματα εξεύρεσης νέων θεραπειών ανάμεσα στα άλλα για την ελονοσία, το AIDS και τον ιό Ζίκα ενώ συμμετέχει στο φιλόδοξο επιστημονικό πρόγραμμα, Εθνική Πρωτοβουλία Μικροβιώματος , που ξεκίνησε ο Λευκός Οίκος επί προεδρίας Μπαράκ Ομπάμα. Οι ερευνητές του προγράμματος έχουν στόχο να «χαρτογραφήσουν» και να αποκαλύψουν τα μυστικά των μικροβίων μέσα στα επόμενα χρόνια.
Το νέο πρότζεκτ που αποφάσισε να χρηματοδοτήσει το ίδρυμα του Μπιλ Γκέιτς είναι η δημιουργία ενός νέου είδους αγελάδας. Ο Γκέιτς έδωσε 40 εκατ. δολάρια στον μη κερδοσκοπικό οργανισμό Global Alliance for Livestock Veterinary Medicines (GALVmed) που εδρεύει στο Εδιμβούργο με στόχο την δημιουργία μιας γενετικά τροποποιημένης αγελάδας.
Στόχος είναι η αγελάδα αυτή να μπορεί να προσαρμοστεί στις κλιματικές αλλαγές και να μπορεί να παράγει μεγάλες ποσότητες γάλατος, μεγαλύτερες από αυτές που παράγουν τα υπάρχοντα είδη αγελάδας. Για να τα καταφέρει αυτή η αγελάδα θα πρέπει να μην επηρεάζεται από τις αυξημένες θερμοκρασίες στον πλανήτη.
Η δημιουργία μιας τέτοιας αγελάδας σύμφωνα με τον Γκέιτς θα βοηθήσει φτωχές κοινότητες που βασίζουν την ύπαρξη τους στην κτηνοτροφία. Ο Γκέιτς ζήτησε επίσης ένα μέρος της συγκεκριμένης χρηματοδότησης να δοθεί για την ανάπτυξη νέων πιο ανθεκτικών καλλιεργειών για τους αγρότες της Αφρικής.