Η ιστορία της 336 Μοίρας ξε4κινά στις 25 Φεβρουαρίου του 1943 με την συγκρότησή της στην Αλμάζα της Νότιας Αφρικής. Η Μοίρα αρχικά εξοπλίστηκε με 21 αεροσκάφη Hurricane IIC το καθένα εκ των οποίων διέθετε τέσσερα πυροβόλα των 20 χλστ. Τα αεροσκάφη ήταν βελτιστοποιημένα για αποστολές αέρος-εδάφους ένας ρόλος που θα κρατούσαν καθόλη τη διάρκεια του πολέμου.
Το αρχικό όνομα της 336 Μοίρας ήταν «Βασιλική Ελληνική Μοίρα Διώξεως» και αυτή υπαγόταν διοικητικά στην 219 Πτέρυγα Μάχης της RAF. Πρώτος σταθμός της Μοίρας το αεροδρόμιο L.G. 219 – σύμφωνα με την ονοματολογία της RAF όπου LG δε σημαίνει τίποτα άλλο από πεδίο προσγείωσης (Landing Ground)- όπου σήμερα βρίσκεται το διεθνές αεροδρόμιο του Καίρου.
Επόμενο αεροδρόμιο μεταστάθμευσης (4 Απριλίου 1943) το πεδίο LG 121 360 χλμ. δυτικά της Αλεξάνδρειας και 520 χλμ. βορειοδυτικά του Καίρου.
Η συγκεκριμένη βάση βρισκόταν περί τα 400 χλμ. νότια της Κρήτης –εγγύτερα δηλαδή από την προηγούμενη- και η μετακίνηση της Μοίρας εκεί αφορούσε ακριβώς αυτό, δηλαδή τις επιθετικές αποστολές σε στόχους στο νησί. Από τις 11 Απριλίου όπου η 336 Μοίρα κηρύχθηκε και επιχειρησιακή άρχισε την ανάληψη αποστολών με περιπολίες προστασίας νηοπομπών, επιθετικές περιπολίες και επιθέσεις εναντίον επίγειων στόχων στην Κρήτη.
Η πρώτη αλλαγή αεροσκαφών για την 336Μ – κατόπιν αιτήματος και πιέσεων της ελληνικής εξόριστης κυβέρνησης- έρχεται το Σεπτέμβριο του 1944 όταν αλλάζει τα Hurri 2C με τα όχι όμως και πλέον σύγχρονα για την εποχή Spitfire MkV. Η βρετανική RAF είχε πάντα μια έφεση στο δίδει στην τότε ΕΒΑ ότι πιο… παλαιό είχε.
Από τη Μάρσα Ματρούχ όπου στάθμευε τότε η 336Μ και ακολουθώντας τις προελαύνουσες συμμαχικές δυνάμεις, μετακινείται στο αεροδρόμιο Νουόβα της Ιταλίας από όπου επιχειρεί εναντίον στόχων σε Γιουγκοσλαβία, Αλβανία και Ελλάδα για σύντομο χρονικό διάστημα ενός μηνός περίπου, πριν επαναπατριστεί το Νοέμβριο, μετά τη γερμανική αποχώρηση από την Ελλάδα.
Αμέσως και από το αεροδρόμιο του Χασανίου –Ελληνικό- ξεκινά συνεχείς αποστολές εναντίον στόχων στις γερμανικές ξεχασμένες φρουρές κυριότερα της Μήλου, και της Κρήτης.
Ο 2ος ΠΠ θα τελειώσει λίγους μήνες αργότερα με την 336Μοίρα να έχει πραγματοποιήσει 3.250 αποστολές και 12.427 ώρες πτήσης εκ των οποίων οι 5,116 σε επιχειρησιακές αποστολές αλλά και 12 χειριστές όμως χειριστές νεκρούς στο πεδίο της μάχης.
Το Μάιο του 1945 η 336 Μ μετακινείται για άλλη μια φορά στο αεροδρόμιο του Σέδες και παίρνει μέρος στις επιχειρήσεις κατά των κουμουνιστών ανταρτών την περίοδο 1946-1949. Με το τέλος των επιχειρήσεων το Φεβρουάριο του 1949 θα βρεθεί στη Λάρισα όπου και εντάσσεται στην δύναμη της 110 ΠΜ.
Τον Αύγουστο του ίδιου χρόνου θα εφοδιαστεί με τα πρώτα αμερικανικής κατασκευής αεροσκάφη. Πρόκειται για τα αεροσκάφη κάθετου βομβαρδισμού SB2C Helldiver μεταπίπτοντας έτσι για πρώτη φορά στο ρόλο του ελαφρού βομβαρδισμού.
Ο Δεκέμβριος του 1953 θα είναι ο μήνας όπου συντελείται η ιστορική μετάβαση της Μοίρας από τα ελικοφόρα αεροσκάφη στα αεριωθούμενα. Τότε η 336Μ παραλαμβάνει για πρώτη φορά τα F-84G και από τη Λάρισα μετασταθμεύει στη Ν. Αγχίαλο.
Το 1958 αντικαθιστά τα F-84G με τα F-84F και το Μάρτιο του 1959 επιστρέφει ξανά στην 110 ΠΜ και από εκεί, το Δεκέμβριο του 1962, στην 116 τότε Σμηναρχία Μάχης στο αεροδρόμιο του Αράξου.
Το 1964 η Μοίρα εκσυγχρονίζεται, με τα πλέον σύγχρονα για την εποχή εκείνη, αεροσκάφη F 104G και μετακινείται στην 114 ΠΜ, στην Τανάγρα.
Παράλληλα παραμένει ένας αριθμός προσωπικού και αεροσκαφών F-84F στην 116 ΣΜ. Από το Δεκέμβριο του 1966 μέχρι τις 31 Μαρτίου του 1993 η Μοίρα διατηρούσε τα F-104G, αεροσκάφη που έγραψαν την δική τους ιστορία.
Τα F-104G η Μοίρα θα τα αποσύρει στις 31 Μαρτίου του 1993(!) προκειμένου να ξεκινήσει να παραλαμβάνει τα μεταχειρισμένα A-7E και TA-7C του αμερικανικού Ναυτικού. Μέχρι και το 2007 η 336Μ Βομβαρδισμού επιχειρούσε τόσο με A-7E όσο και με A-7H μέχρι το 2008 όπου με την αλλαγή του ρόλου της 335Μ παραλαμβάνει το σύνολο των A-7E και τα οποία αξιοποιεί μέχρι και σήμερα, για να είναι η μοναδική πολεμική Μοίρα στον κόσμο που πετά τον συγκεκριμένο τύπο σήμερα.