Όταν ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση το 1821, οι Τούρκοι προχώρησαν σε διωγμούς Ελλήνων ακόμη και σε περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, οι οποίες δεν είχαν ακόμα επαναστατήσει. Ανάμεσα τους και η Κύπρος, όπου ο Σουλτάνος Μαχμούτ Β΄ διέταξε την εξόντωση εκατοντάδων επιφανών Κυπρίων. Μεταξύ αυτών και ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός.
Η Κύπρος εκείνη την περίοδο είχε πληθυσμό 80.000 Έλληνες και 20.000 Τούρκους, ωστόσο ο Σουλτάνος γνώριζε ότι οι Έλληνες παρά την αριθμητική τους υπεροχή δεν σκόπευαν να εξεγερθούν.
Η Φιλική Εταιρεία είχε εξαιρέσει το νησί από το πεδίο επιχειρήσεων της Επανάστασης, ωστόσο οι Έλληνες της Κύπρου βοηθούσαν οικονομικά του εξεγερμένους και έστελναν έμψυχο δυναμικό. Άλλωστε, σε επιστολή του προς τον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου Κυπριανό, ο Υψηλάντης τον ευχαρίστησε για τη βοήθεια του ίδιου, αλλά και των υπόλοιπων που συνείσφεραν. Η «προληπτική» απόβαση 4.000 Τούρκων στο νησί Στις 3 Μαΐου 1821, 4.000 Τούρκοι στρατιώτες από τη Συρία και την Παλαιστίνη έφτασαν στην Κύπρο. Μετά τον αφοπλισμό των Ελλήνων, ο μουτεσελίμης (τίτλος που δινόταν σε διοικητές ή υποδιοικητές πόλεων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας) Κιουτσούκ Μεχμέτ, συνέταξε μία λίστα με 486 επιφανείς Κύπριους, ενώ πρώτος στη λίστα ήταν ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός.
Ο Κιουτσούκ διεμήνυσε στο σουλτάνο ότι οι συγκεκριμένοι άνθρωποι αν δεν εξοντωθούν μπορούν να προμηθευτούν όπλα και να εξεγερθούν, καθώς είχαν αρκετές διασυνδέσεις στο εξωτερικό. Αλλαγή πίστης ή Θάνατος! Η εντολή ήρθε από την «Υψηλή Πύλη». Η διαταγή ήταν να σφαγιαστούν όλοι όσοι βρίσκονταν στον κατάλογο, εκτός και αν άλλαζαν πίστη. Στις 12 Ιουνίου οι περισσότεροι συνελήφθησαν στους τόπους διαμονής τους και φυλακίστηκαν στα μπουντρούμια, ενώ 16 κατάφεραν να διαφύγουν. Ο Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Κυπριανός / Wikimedia Commons Ο πρώτος που δολοφονήθηκε για παραδειγματισμό ήταν ο Αρχιεπίσκοπος Κυπριανός.
Στις 9 Ιουλίου 1821 απαγχονίστηκε στην Πλατεία Διοικητηρίου στη Λευκωσία κάτω από μία μουριά. Την ίδια μέρα καρατομήθηκαν οι τρεις μητροπολίτες της Κύπρου, ο Πάφου Χρύσανθος, ο Κιτίου Μελέτιος και ο Κυρηνείας Λαυρέντιος, καθώς και πολλοί άλλοι κληρικοί. Την 14η Ιουλίου η έγινε η «μεγάλη σφαγή», όταν οι υπόλοιποι 400 περίπου του «καταλόγου» αποκεφαλίστηκαν. Οι υπόλοιποι 36 γλίτωσαν τον θάνατο γιατί αλλαξοπίστησαν….