Αρχικά, είχε αποφασισθεί η συγκρότηση και δεύτερου Ιερού Λόχου και είχαν εκδοθεί οι σχετικές διαταγές. Τελικά όμως, αυτή η απόφαση ματαιώθηκε.
Ο Ιερός Λόχος, με τη νέα σύνθεσή του, θα υπαγόταν και πάλι στη βρετανική Ταξιαρχία Καταδρομών με την ίδια επωνυμία και μόνο για τις βρετανικές στρατιωτικές αρχές θα αναφερόταν ως Greek Sacred Regiment.
Η αναδιοργάνωση του Ιερού Λόχου έγινε στην Παλαιστίνη σύμφωνα με τη οργάνωση των βρετανικών μονάδων καταδρομών και περιλάμβανε επιτελείο, Μοίρα Διοίκησης και δύο Μοίρες Καταδρομών. Η Μοίρα Διοικήσης περιλάμβανε τμήμα διοίκησης και τμήμα πολυβόλων, όλμων, διαβιβάσεων, καταστροφών και εφεδρείας.
Οι Μοίρες Καταδρομών περιλάμβαναν η καθεμιά τμήμα διοικήσεως. Τρία τμήματα καταδρομών, τμήμα εφεδρείας και τμήμα οδηγών. Η συγκρότηση της Μοίρας Διοικήσεως έγινε από αξιωματικούς και οπλίτες που διατέθηκαν στον Ιερό Λόχο από τον 2ο Λόχο Πολυβόλων της 2ης Ελληνικής Ταξιαρχίας και από το ΓΚΕΣ. Η Α΄ Μοίρα Καταδρομών περιέλαβε τα τρία υπάρχοντα Τμήματα Καταδρομών του Ιερού Λόχου.
Για τη συγκρότηση της Β΄ Μοίρας Καταδρομών διατέθηκαν αξιωματικοί και οπλίτες από διάφορες ελληνικές μονάδες που είχαν διαλυθεί, από το ΓΚΕΣ και νέοι επίσης που στρατολογήθηκαν. Τελικά, η δύναμη του Ιερού Λόχου, σύμφωνα με τη νέα σύνθεσή του, ήταν 1.084 αξιωματικοί και οπλίτες που είχαν κατανεμηθεί ως εξής: Επιτελείο – 39 άνδρες, Μοίρα Διοικήσεως – 368 άνδρες, Α΄ Μοίρα Καταδρομών – 340 άνδρες, Β΄ Μοίρα Καταδρομών – 337 άνδρες.
Η διαδικασία επάνδρωσης του Ιερού Λόχου ήταν εξαιρετικά δύσκολη λόγω της παράλληλης συγκρότησης, την ίδια περίοδο, και της ΙΙΙ ΕΟΤ. Έτσι, αναγκαστικά, έγινε κατάταξη και επιλογή αξιωματικών και οπλιτών που είχαν έρθει πρόσφατα από την Ελλάδα και δεν είχαν ακόμη χρησιμοποιηθεί σε μάχιμες θέσεις για διάφορους λόγους. Μετά τη συμπλήρωση της δυνάμεώς του, ο Ιερός Λόχος άρχισε εντατική εκπαίδευση των νέων ανδρών, ώστε στα μέσα Σεπτεμβρίου όλοι οι Ιερολοχίτες ήταν έτοιμοι και ικανοί για καταδρομικές επιχειρήσεις.
Στο χρονικό διάστημα που απαιτήθηκε για την ανάπτυξη του Ιερού Λόχου σε Σύνταγμα Καταδρομών και για την εκπαίδευσή του, οι Γερμανοί προσπαθούσαν να μεταφέρουν το μεγαλύτερο μέρος των στρατευμάτων τους στην ηπειρωτική Ελλάδα, διατηρώντας μικρές δυνάμεις για την παράταση της κατοχής των νησιών του Αιγαίου και την παρεμπόδιση της δράσης των συμμαχικών δυνάμεων στην περιοχή. Μέχρι τα τέλη Σεπτεμβρίου 1944, οι Γερμανοί είχαν αποχωρήσει από μερικά νησιά των Κυκλάδων και των Δωδεκανήσων, αλλά με βραδύ ρυθμό.
Συγκεκριμένα, από τα νησιά του Βορείου Αιγαίου κατείχαν ακόμη τη Λήμνο και τη Σάμο, στις Σποράδες τη Σκόπελο, στις Κυκλάδες τη Σύρο, την Τήνο, τη Μήλο, τη Θήρα, τη Νάξο και την Πάρο. Στα Δωδεκάνησα είχαν εκκενώσει την Πάτμο, τη Σύμη, τους Λειψούς και την Αστυπάλαια. Επιπλέον, γερμανικά και βουλγαρικά στρατεύματα κατείχαν τη Θάσο και τη Σαμοθράκη, ενώ γερμανικές δυνάμεις βρίσκονταν ακόμη στην Κρήτη.
Την ίδια εποχή όμως οι Γερμανοί ετοιμάζονταν να αποχωρήσουν και από την ηπειρωτική Ελλάδα, λόγω της δυσμενούς εξέλιξης της κατάστασης στα άλλα πολεμικά μέτωπα. Ενόψει της κατάστασης αυτής, το ΓΣΔΜΑ διέταξε τη συγκρότηση δύο ουσιαστικά μοιρών μάχης με την επωνυμία Δύναμη Β και Δύναμη Γ και ενός Τμήματος Μετόπισθεν για την ενίσχυση των βρετανικών δυνάμεων που δρούσαν στην Ανατολική Μεσόγειο.
Η Δύναμη Β συγκροτήθηκε από άνδρες του Επιτελείου του Ιερού Λόχου και της Α΄ Μοίρας Καταδρομών, εκτός του 3ου Τμήματος που εξακολουθούσε να συμμετέχει στις καταδρομικές επιχειρήσεις του Αιγαίου και μέρος των ανδρών της Μοίρας Διοίκησης. Συνολικά, η Δύναμη Β διέθετε 438 αξιωματικούς και οπλίτες, από τους οποίους 81 αξιωματικοί και 128 οπλίτες αποτελούσαν το 3ο Τμήμα. Η διοίκηση της Δύναμης Β ανατέθηκε στο υποδιοικητή του Ιερού Λόχου, συνταγματάρχη Θεμιστοκλή Κετσέα.
Η Δύναμη Γ παρέτασσε 129 αξιωματικούς και 183 οπλίτες της Β΄ Μοίρας Καταδρομών του Ιερού Λόχου, επιπλέον 69 αξιωματικούς και οπλίτες, το υπόλοιπο της Μοίρας Διοίκησης. Συνολικά, η Δύναμη Γ διέθετε 381 αξιωματικούς και οπλίτες και η διοίκησή της ανατέθηκε στον αντισυνταγματάρχη Μεσσηνόπουλο.
Το Τμήμα Μετόπισθεν παρέτασσε 100 περίπου Ιερολοχίτες που βρίσκονταν στην έδρα του Ιερού Λόχου, ή ήταν ασθενείς και τραυματίες. Μετά τη συγκρότησή τους οι δύο εκστρατευτικές ομάδες προωθήθηκαν στην περιοχή του Αιγαίου.
Η Δύναμη Γ επιβιβάσθηκε σε πλοία στο λιμάνι της Χάιφας και αναχώρησε, στις 25 Σεπτεμβρίου, προς άγνωστη κατεύθυνση. Στη διάρκεια του πλου, ο αντισυνταγματάρχης Μεσσηνόπουλος ενημερώθηκε ότι η Δύναμη Γ αποτελούσε μέρος βρετανικού σώματος με την επωνυμία Δύναμη Φοξ που είχε ειδικά συγκροτηθεί και προοριζόταν για απόβαση στην ηπειρωτική Ελλάδα, μετά την αποχώρηση των Γερμανών.
Η Δύναμη Β αναχώρησε στις 25 Σεπτεμβρίου επίσης από τον λιμένα της Χάιφας και στις 2 και 3 Οκτωβρίου αποβιβάσθηκε στη Χίο, όπου έφθασε και ο Τσιγάντες. Η Δύναμη Β, έχοντας ως βάση τη Χίο και υπό τις άμεσες διαταγές της τη Δύναμης 142, ανέλαβε τη διεξαγωγή επιχειρήσεων στο Αιγαίο, από τη Θάσο και τη Σαμοθράκη μέχρι τα Δωδεκάνησα, με στόχο την απελευθέρωσή τους.
Στο μεταξύ, οι Γερμανοί, μετά την αποχώρησή τους από τη Χίο και τη Λέσβο είχαν ανατινάξει το λιμάνι του Πυθαγόρειου και είχαν εκκενώσει τη Σάμο, μεταφέροντας τα στρατεύματά τους στη Λέρο. Περίπου 1.000 άνδρες της ιταλικής φρουράς Σάμου, που συνεργάζονταν με τους Γερμανούς και είχαν αποσπάσει την υπόσχεση για μεταφορά τους στη Λέρο, συγκεντρώθηκαν στο Βαθύ και στα γύρω υψώματα και εγκατέστησαν φυλάκια στη Χώρα και στους Μυτιληνιούς. Το πυροβολικό τους τάχθηκε στη θέση Ζερβού.
Σάμος
Μετά την αποχώρηση των περιπόλων των υπολοχαγών Λουμάκη και Τσοπάκη από τη Σάμο, στις 22 Σεπτεμβρίου, νέα περίπολος έξι Ιερολοχιτών με επικεφαλής τον ανθυπολοχαγό Δ. Οπρόπουλο στάλθηκε στο νησί, δύο μέρες αργότερα για να παρακολουθήσει την εκκένωση της νήσου και την εξέλιξη της εσωτερικής καταστάσης. Για τον ίδιο σκοπό βρισκόταν εκεί ο Βρετανός ταγματάρχης Κάρντιφ.
Ο Έλληνας αξιωματικός συνεργάστηκε με τον Βρετανό ταγματάρχη και τον επικεφαλής των ανταρτικών τμημάτων του νησιού και έπειτα από κοινή απόφαση, αφού οι Γερμανοί είχαν αποχωρήσει, έστειλε επιστολή στο διοικητή της ιταλικής φρουράς λοχαγό Ρούσο, με την οποία τον καλούσε σε παράδοση.
Η επιστολή στάλθηκε στο επικεφαλής της ιταλικής φρουράς, μέσω του νομάρχη της νήσου, στις 29 Σεπτεμβρίου. Την ίδια ημέρα ο Ταγματάρχης Κάρντιφ και ο επικεφαλής των ανταρτών, παραβαίνοντας τη συμφωνία, έστειλαν άλλες δύο επιστολές, ζητώντας ο καθένας χωριστά την παράδοση της φρουράς.
Ο Ιταλός λοχαγός αντιλαμβανόμενος τη μεταξύ τους διχογνωμία απάντησε μόνο στην επιστολή των ανταρτών αρνούμενος να παραδοθεί.
Η διοίκηση του 3ου Τμήματος που βρισκόταν στη Χίο, όταν πληροφορήθηκε την κατάσταση στην Σάμο, έστειλε εκεί τη νύχτα της 30ης Σεπτεμβρίου περίπολο 10 Ιερολοχιτών με επικεφαλής τον ταγματάρχη Χρήστο Φλέγκα, η οποία θα συνεργαζόταν με την περίπολο Οπρόπουλου για την παράδοση της ιταλικής φρουράς.
Ο ταγματάρχης Φλέγκας συναντήθηκε την επόμενη ημέρα με τον Οπρόπουλο, ο οποίος τον ενημέρωσε για την κατάσταση και τις προθέσεις των Ιταλών, αλλά και για την παρασπονδία του Βρετανού ταγματάρχη και των ανταρτών. Μετά από αυτά, ο ταγματάρχης Φλέγκας ήρθε σε προσωπική επαφή με τον Βρετανό συνάδελφό του και συμφώνησαν, με βάση τις εντολές που είχε ο πρώτος, να στείλουν στον επικεφαλής της ιταλικής φρουράς νέα επιστολή, με την οποία θα τον καλούσαν σε παράδοση. Έτσι, στις 3 Οκτωβρίου, ο ταγματάρχης Κάρντιφ παρέδωσε την επιστολή στον Ιταλό διοικητή.
Ο Ιταλός γνωρίζοντας ότι η δύναμη των Ιερολοχιτών στη νήσο ήταν μικρή και ελπίζοντας ακόμη στη μεταφορά των ανδρών του στη Λέρο από τους Γερμανούς σύμφωνα με την υπόσχεσή τους, ζήτησε προθεσμία 48 ωρών για να απαντήσει. Ταυτόχρονα ο Βρετανός αξιωματικός, παραβαίνοντας την εντολή που είχε, ήρθε και πάλι σε συνεννόηση με τον Ιταλό αξιωματικό του πυροβολικού και πέτυχε συμφωνία μαζί του για την παράδοση των πυροβόλων.
Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την έναρξη διαρροής προς τους αντάρτες των Ιταλών πυροβολητών, οι οποίοι είχαν μαζί τους και τα κλείστρα των πυροβόλων τους.
Στις 3 Οκτωβρίου, ο διοικητής του Ιερού Λόχου, όταν πήγε στη Χίο με τη Δύναμη Β, ενημερώθηκε για την κατάσταση και την ίδια ημέρα αναχώρησε με διμοιρία Ιερολοχιτών για τη Σάμο, προκειμένου να αναγκάσει την ιταλική φρουρά σε παράδοση. Φθάνοντας στο νησί, έστειλε τελεσίγραφο στον Ιταλό διοικητή για άμεση παράδοση.
Ο Ιταλός, ενώπιον της αποφασιστικότητας του Τσιγάντε υποχώρησε και στις 4 Οκτωβρίου υπέγραψε τους όρους που του υπαγορεύθηκαν. Η αναίμακτη κατάθεση των όπλων από την ιταλική φρουρά αναγγέλθηκε στην ελληνική κυβέρνηση με τηλεγράφημα, στο οποίο αναφέρονταν η παράδοση 1.000 περίπου Ιταλών αξιωματικών και οπλιτών με όλο τον οπλισμό τους.
Μετά την απελευθέρωση της Σάμου, ο Ιερός Λόχος συνέχισε τη δράση του σε όλα τα γερμανοκρατούμενα νησιά με σκοπό να εξακριβώσει τις προθέσεις του εχθρού. Την ίδια περίοδο απελευθερώθηκε η Τήνος και στο νησί εγκαταστάθηκε τμήμα του Ιερού Λόχου, υπό τον ταγματάρχη Καζακόπουλο.
Και ενώ οι επιχειρήσεις συνεχίζονταν με επιτυχία η Δύναμη Γ πραγματοποίησε απόβαση πρώτα στα Κύθηρα και από εκεί εξέπεμψε αναγνωρίσεις προς την Κέα, την Αίγινα και τον Πόρο. Από εκεί, το πρωί της 14ης Οκτωβρίου, η Δύναμη Γ αποβιβάστηκε στον Πειραιά, λίγες μόνο ώρες μετά την αποχώρηση των Γερμανών. Τέσσερις μέρες αργότερα έφτασε στην Αθήνα και η ελληνική κυβέρνηση. Στο Αιγαίο πάντως ο πόλεμος συνεχιζόταν.
Νάξος – Λήμνος
Ο Ιερός Λόχος συνέχισε όλο αυτό το διάστημα την εκπομπή περιπόλων σε όλο το μήκος και πλάτος του Αιγαίου μας. Ένα σημαντικό γεγονός ήταν ότι από τις 23 Σεπτεμβρίου, αφότου αποχώρησαν οι Γερμανοί, οι κάτοικοι της Σύμης είχαν κηρύξει την ένωσή της με την Ελλάδα με ψήφισμά τους που το επέδωσαν στον επικεφαλής περιπόλου του Ιερού Λόχου που έφτασε στο νησί, για την αποστολή του στην ελληνική κυβέρνηση και στους Συμμάχους.
Τα Δωδεκάνησα τελούσαν υπό ιταλική κατοχή, από το 1912 και η ένωσή τους με την Ελλάδα δεν ενθουσίαζε ούτε τους Βρετανούς, ούτε τους «φίλους» Τούρκους.
Το γεγονός ότι ο Ιερός Λόχος πολεμούσε στα Δωδεκάνησα, για τα Δωδεκάνησα είχε ιδιαίτερη βαρύτητα για την απόδοση το 1948, τελικά, των Δωδεκανήσων στην Ελλάδα. Το αίμα των Ιερολοχιτών, μαζί με αυτό των Ελλήνων Δωδεκανησίων μαχητών έφερε την αυγή της ελευθερίας για το κομμάτι αυτό της ελληνικής πατρίδας. Ενδεικτικό πάντως της στάσης των Βρετανών είναι το συμβάν που περιέγραψε στο βιβλίο του «Από την Αφρική στον Έβρο» ο αείμνηστος αντιστράτηγος Μιχαήλ Οικονομάκος.
Ο ανθυπολοχαγός, τότε, Οικονομάκος μαζί με έναν λοχία, τον Στέλιο Γκιόκα από τη Σαλαμίνα, βρίσκονταν στην Κάλυμνο. Στο λιμάνι, στο παλαιό ιταλικό διοικητήριο κυμάτιζαν η ελληνική και η βρετανική σημαία. «Από την προηγούμενη ημέρα είχε έλθει στο λιμάνι ένα καΐκι με Άγγλους για να ξεκουραστούν και είχε έλθει και ένας Άγγλος ταγματάρχης με τον Κύπριο διερμηνέα του για να μοιράσει τρόφιμα στον κόσμο…
Ο Καλύμνιος ψαράς χωρίς να το καλοσκεφτεί σκαρφάλωσε στο αγγλικό καΐκι για να πουλήσει τα ψάρια που είχε πιάσει. Οι Άγγλοι, επειδή δεν μπήκε κανονικά με άδεια από το μαδέρι που συγκοινωνούσε με την ξηρά, τον έσπρωξαν και τον χτύπησαν.
Ο Καλύμνιος διαμαρτυρήθηκε, έγινε φασαρία, ένα κακό, και οι κάτοικοι συγκεντρώθηκαν στην παραλία με επικεφαλής τον δάσκαλο με πρόθεση να λιντσάρουν το πλήρωμα του αγγλικού καϊκιού. Εγώ έφτασα στον τόπο του επεισοδίου την ώρα που οι Άγγλοι έστρεφαν τα πολυβόλα του καϊκιού, απειλώντας να χτυπήσουν τους κατοίκους.
Μερικοί έκαναν να φύγουν. Σταμάτησα τον δάσκαλο και του είπα ότι είναι προτιμότερο οι σφαίρες να τους βρουν στο στήθος. Μπήκα στη μέση με κίνδυνο της ζωής μου και αποσοβήθηκε το επεισόδιο. Καθησύχασα με τον τρόπο μου τον Καλύμνιο και σιγά σιγά ησύχασαν τα πράγματα…
Πιο πέρα συνάντησα τον Άγγλο ταγματάρχη και του είπα ότι αυτά τα επεισόδια δεν είναι σωστά, διότι οι κάτοικοι είναι Έλληνες και για πρώτη φορά ζουν ελεύθεροι, τα νησιά κατοικούνται από Έλληνες, είναι ελληνικά και συνεπώς πρέπει η συμπεριφορά τους να είναι συμμαχική και φιλική. Από όσα του είπα, το μόνο που του έκανε εντύπωση ήταν ότι τα νησιά ήταν ελληνικά. Εκεί πάνω διαφωνήσαμε.
Τώρα καταλαβαίνω ότι αυτός είχε οδηγίες, ενώ εγώ ενεργούσα εκείνη την ώρα συναισθηματικά και αφού συνεχίστηκε η λογομαχία και μου έφερνε αντιρρήσεις του λέω: ‘‘Θέλεις να δεις σε ποιον ανήκουν τα Δωδεκάνησα;’’ και χωρίς να περιμένω απάντηση, στρεφόμενος προς τον βοηθό μου λοχία τον διέταξα: ‘‘Στέλιο, μάινα την εγγλέζικη σημαία’’. Στην παραλία ήταν έναν κτήριο… Στην ταράτσα του ανέμιζε η ελληνική και η αγγλική σημαία. Ο Στέλιος μόλις πήρε τη διαταγή έτρεξε αμέσως και κατέβασε την αγγλική σημαία. «Κοίταξε», λέω στον ταγματάρχη «τίνος είναι τα Δωδεκάνησα».
Πελιδνός ο Άγγλος παρακολουθούσε, ανήμπορος να αντιταχθεί στην προσβολή που του έκανα… Φαίνεται όμως πως με τον ασύρματο του καϊκιού ειδοποίησε τη βάση. Την άλλη μέρα το πρωί ήρθε σήμα να παραδώσω στον βοηθό μου γιατί ακολουθούσα αντι-αγγλική πολιτική και να επανέλθω στη Σύμη».
Στο μεταξύ, ενώ η Δύναμη Γ βρισκόταν στην Αθήνα, η Δύναμη Β εξακολουθούσε τη δράση της στο Αιγαίο υπό τις διαταγές της Δύναμης 142.
Το πρώτο δεκαήμερο του Οκτωβρίου, η αναγνωριστική περίπολος Νάξου ανέφερε ότι η γερμανική φρουρά του νησιού είχε πρόθεση να αναχωρήσει στις 13 του ιδίου μηνός.
Βάσει των πληροφοριών της περιπόλου, η φρουρά είχε δύναμη 70 ανδρών. Το μεγαλύτερο μέρος της βρισκόταν στο φρούριο της πόλης, ενώ μικρά τμήματα στρατωνίζονταν στην έπαυλη Έλλη κοντά στην πόλη και στο χωριό Απείρανθος.
Για την προσβολή της φρουράς και τον εξαναγκασμό της σε παράδοση, αποφασίσθηκε η συγκρότηση αποσπάσματος 49 Ιερολοχιτών, με επικεφαλής τον λοχαγό Βασίλειο Μάραντο και σύνδεσμο τον Βρετανό λοχαγό Χίλμαν.
Το απόσπασμα επιβιβάσθηκε σε δύο αποβατικά πλοιάρια και αναχώρησε από τη Χίο στις 8.45 μ.μ. της 12ης Οκτωβρίου. Στις 3.30 π.μ. της επομένης αποβιβάσθηκε στις βορειοδυτικές ακτές της Νάξου και σε απόσταση από την πόλη 4,5 χλμ. περίπου, κοντά στο ακρωτήριο Αμμίτης.
Αμέσως μετά, οι άνδρες του αποσπάσματος παρέμειναν σε απόκρυψη στην ακτή και έστειλαν δύο Ιερολοχίτες στην πόλη για επαφή με την αναγνωριστική περίπολο οι δύο Ιερολοχίτες, αφού συναντήθηκαν με τον περιπολάρχη και τον ταγματάρχη Γεώργιο Δέτση, αρχηγό ανταρτικού, μη εαμικού, τμήματος του νησιού, επέστρεψαν και ανέφεραν ότι ολόκληρη η εχθρική φρουρά είχε συγκεντρωθεί στην πόλη και είχε διανυκτερεύσει στο φρούριο και στην προκυμαία, αναμένοντας πλωτό μέσο ή αερακάτους για την αποχώρησή της. Με τις πληροφορίες αυτές το απόσπασμα προωθήθηκε σε θέση κοντά στην πόλη, προκειμένου να επιτεθεί εναντίον της γερμανικής φρουράς στις 8.30 π.μ. περίπου της ίδιας ημέρας.
Στο μεταξύ ο επικεφαλής των αποβατικών πλοιαρίων, από παρανόηση, αντί να κατευθυνθεί όπως είχε συμφωνηθεί στις απέναντι και κοντά στη νήσο Νάξο ακτές της Πάρου, όπου θα ανέμενε την εκπομπή συνθηματικού για την παραλαβή του αποσπάσματος, έπλευσε και αγκυροβόλησε μέσα στον λιμένα της Νάξου.
Ο Γερμανός διοικητής της φρουράς, νομίζοντας ότι τα πλοιάρια ήταν γερμανικά, πήγε με λέμβο και ανέβηκε στο ένα από αυτά για να ρυθμίσει τις λεπτομέρειες της επιβιβάσης των ανδρών του και μοιραία αιχμαλωτίστηκε! Οι άνδρες της φρουράς που βρίσκονταν στην παραλία, όταν κατάλαβαν ότι ο διοικητής τους αιχμαλωτίσθηκε, άρχισαν να βάλουν με όλμους; εναντίον των πλοιαρίων και τα ανάγκασαν να ανοιχθούν στο πέλαγος. Τα γεγονότα αυτά, τα οποία έγιναν χωρίς να τα γνωρίζει ο διοικητής του καταδρομικού αποσπάσματος Νάξου, είχαν ως αποτέλεσμα την αποτυχία της ενέργειάς του, όταν αυτός εκδήλωσε επίθεση εναντίον του σε ετοιμότητας ευρισκόμενου πλέον γερμανικού τμήματος του φρουρίου.
Η επίθεση εναντίον του φρουρίου θα επαναλαμβανόταν στις 10:00 π.μ., με τη συμμετοχή των ανταρτών του ταγματάρχη Δέτση και ανταρτών του ΕΑΜ –των λίγων που προθυμοποιήθηκαν να συμμετάσχουν- και οι οποίοι είχαν ως επικεφαλής τον συνταγματάρχη Πάγκαλο. Στους Γερμανούς του φρουρίου στάλθηκε κήρυκας για να προτείνει την παράδοσή τους, την οποία και αποδέχτηκαν υπό όρους. Ο Βρετανός Λοχαγός Χίλμαν, με τη συνοδεία Ιερολοχιτών, στάλθηκε στο φρούριο για να ρυθμίσει τις λεπτομέρειες της παράδοσης.
Στη διάρκεια των διαπραγματεύσεων όμως οι αντάρτες του ΕΑΜ, παρακούοντας τις εντολές για κατάπαυση του πυρός, άρχισαν να πυροβολούν εναντίον του φρουρίου.
Οι Γερμανοί ερμήνευσαν την ενέργεια αυτή ως παράβαση των όρων που συμφωνήθηκαν και προτού πάρουν οριστική απόφαση για παράδοσή τους, ζήτησαν να έλθουν σε επαφή με τον αιχμάλωτο διοικητή τους, πράγμα που έγινε, αλλά αυτός τους διέταξε να αμυνθούν.
Μετά από αυτά, ο λοχαγός Μαράντος έδωσε μισή ώρα προθεσμία στους Γερμανούς να παραδοθούν. Με τη λήξη της προθεσμίας, επαναλήφθηκε η επίθεση εναντίον του φρουρίου, χωρίς όμως αποτέλεσμα. Στις 5.00 μ.μ. υποβλήθηκε νέα πρόταση για παράδοση, που επίσης απορρίφθηκε από τη φρουρά.
Επειδή οι δυνατότητες του αποσπάσματος ήταν πολύ περιορισμένες για να εξαναγκάσουν τη φρουρά σε παράδοση, ο λοχαγός Μαράντος έστειλε σήμα και ζητούσε ενίσχυση με όλμους και αεροπορική υποστήριξη από τη Δύναμη Β.
Η μάχη άρχισε πάλι το πρωί της επομένης. Μέχρι το μεσημέρι έφθασε η περίπολος Πάρου και ταυτόχρονα λήφθηκε σήμα από τη βάση της Χίου ότι ο Διοικητής της Α’ Μοίρας Καταδρομών συνταγματάρχης Καλλίνσκης είχε αναχωρήσει με στοιχείο όλμου των 3 ιν. για ενίσχυση του αποσπάσματος Νάξου. Ο διοικητής της Α΄ Μοίρας Καταδρομών, φθάνοντας στο νησί στις 3:00 π.μ. της 15ης Οκτωβρίου και αναλαμβάνοντας τη διοίκηση, πριν από κάθε ενέργεια έστειλε κήρυκες και κάλεσε τη φρουρά, για μιαν ακόμη φορά, σε παράδοση.
Στις 7:00 π.μ. και ενώ οι κήρυκες πήγαιναν προς το φρούριο, δύο εχθρικά υδροπλάνα εμφανίσθηκαν στον ορίζοντα και επιχείρησαν να προσθαλασσωθούν, προκειμένου να παραλάβουν τη φρουρά. Τα αποβατικά σκάφη του αποσπάσματος που περιπολούσαν, έβαλαν εναντίον των γερμανικών υδροπλάνων και τα ανάγκασαν να απομακρυνθούν.
Η σύγχυση που προκλήθηκε από την εμφάνιση των υδροπλάνων ματαίωσε την επαφή των κηρύκων με την εχθρική φρουρά και έτσι αποφασίσθηκε η επίθεση για την κατάληψη του φρουρίου. Το απόσπασμα, μετά από αναγνώριση, χωρίστηκε σε μικρότερες ομάδες που προωθήθηκαν σε κατάλληλες θέσεις γύρω από το φρούριο, προκειμένου να επιτεθούν με την υποστήριξη πυρών από τα αποβατικά σκάφη.
Στις 2:00 μ.μ., οι ομάδες του αποσπάσματος είχαν προωθηθεί στις θέσεις εξόρμησης εναντίον του φρουρίου και ανέμεναν την απάντηση για την ώρα της αεροπορικής υποστήριξης, μετά από την αίτηση προς τη Δύναμη 142. Στις 2.45 μ.μ., τέσσερα βρετανικά αεροσκάφη εμφανίσθηκαν στον ορίζοντα και άρχισαν να πολυβολούν και να ρίχνουν ρουκέτες εναντίον των εχθρικών θέσεων.
Αμέσως, οι ομάδες των Ιερολοχιτών, εξόρμησαν και κατάφεραν να παραβιάσουν δύο από τις εισόδους του φρουρίου και να περάσουν στο εσωτερικό του. Από τη στιγμή αυτή έπαψε κάθε αντίσταση της φρουράς, η οποία αναγκάσθηκε να καταθέσει τα όπλα. Συνολικά, 69 Γερμανοί παραδόθηκαν και ένας βρέθηκε νεκρός. Ένας όλμος, δεκατρία πολυβόλα και μεγάλος αριθμός τυφεκίων και πυρομαχικών κυριεύθηκαν από τους Ιερολοχίτες. Το απόσπασμα είχε έναν νεκρό και το τμήμα του ταγματάρχη Δέτση είχε επίσης έναν νεκρό και δύο τραυματίες. Το έπαθλο ήταν όμως η απελευθέρωση της Νάξου.
Ενώ η επιχείρηση της Νάξου ήταν σε εξέλιξη, η Δύναμη 142, βάσει των πληροφοριών της αναγνωριστικής περιπόλου Λήμνου περί επικείμενης εκκενώσεως της νήσου από τους Γερμανούς, διέταξε την προετοιμασία της Δύναμης Β για επιχείρηση εκκαθαρίσης και απελευθερώσης του νησιού. Στις 14 Οκτωβρίου, η Δύναμη Β συγκρότησε απόσπασμα από τρεις διμοιρίες καταδρομών, διμοιρία πολυβόλων και ομάδα όλμων των 3 ιντσών, με επικεφαλής τον υποδιοικητή του Ιερού Λόχου, Θεμιστοκλή Κετσέα, συνολικής δύναμης 133 Ιερολοχιτών.
Στο απόσπασμα συμμετείχε και ο διοικητής του Ιερού Λόχου και επίσης προσκολλήθηκαν σε αυτό το επιτελείο της Δύναμης Β, μια ομάδα καταστροφών και ομάδα διαβιβαστών, καθώς και το επιτελείο της Βρετανικής Ταξιαρχίας Καταδρομών.
Το απόσπασμα ενισχύθηκε με πρόσθετο οπλισμό, δίκυκλα, πτυσσόμενες και ελαστικές λέμβους και μία βενζινάκατο. Τη νηοπομπή για τη μεταφορά του θα αποτελούσαν τα σκάφη, τα «Ελίκη» το «Σεβαστή». Η νηοπομπή απέπλευσε από τη βάση της Χίου στις 5.00 το πρωί της 15ης Οκτωβρίου. Ο πλους της ήταν ομαλός, εκτός από μία μικρή καθυστέρηση λόγω θαλασσοταραχής.
Σύμφωνα με πληροφορίες της αναγνωριστικής περιπόλου, η εχθρική δύναμη που είχε απομείνει ανερχόταν σε 250 Γερμανούς και 60 Ιταλούς που ήταν συγκεντρωμένοι στον Μούδρο, υπό τις διαταγές του Γερμανού λοχαγού Σουλτς.
Ένα πλοίο και ένα ποταμόπλοιο, εξοπλισμένα με πυροβόλα και πολυβόλα, βρίσκονταν στον λιμένα του Μούδρου. Ακόμη, δύο πλοιάρια και μία βενζινάκατος βρίσκονταν επίσης στον λιμένα με 150 Γερμανούς, υπό τον υποπλοίαρχο Ριχτχόφεν, έτοιμα να αποπλεύσουν.
Το πρώτο πλοίο της νηοπομπής, που μετέφερε την 1η Διμοιρία Καταδρομών, κατέπλευσε στο λιμάνι της Μύρινας στις 5.00 π.μ. της 16ης Οκτωβρίου. Μετά την αποβίβασή της προωθήθηκε ως προπομπός του αποσπάσματος στο Μούδρο, από το βόρειο δρομολόγιο Μύρινα- Λιβαδοχώρι-Μούδρος. Η υπόλοιπη δύναμη αποβιβάσθηκε στη Μύρινα λίγο αργότερα και ύστερα μετακινήθηκε στον Μούδρο. Η διμοιρία πολυβόλων με την ομάδα όλμων προωθήθηκαν επίσης από το ίδιο δρομολόγιο.
Μέχρι το μεσημέρι, όλα τα τμήματα του αποσπάσματος είχαν φθάσει στην περιοχή του Μούδρου σε θέσεις γύρω από το λιμάνι και στη βόρεια παρυφή της πόλης. Οι Γερμανοί, μόλις πληροφορήθηκαν για την απόβαση του αποσπάσματος, επιβιβάστηκαν αμέσως στα πλοία που βρίσκονταν στο λιμάνι, επί των οποίων σκόπευαν να προβάλουν αντίσταση.
Μερικοί Ιταλοί, που συνεργάζονταν με τους Γερμανούς, παρέμειναν στην πόλη και επίσης ένα μικρό συνεργείο από άνδρες του μηχανικού που θα πραγματοποιούσε καταστροφές. Τα ελαφρά τμήματα του αποσπάσματος, αμέσως μετά την εγκατάστασή τους, άρχισαν να προωθούνται μέσα στην πόλη και στο λιμάνι.
Στις 12:30 μ.μ. τα προωθημένα τμήματα δέχτηκαν πυκνά πυρά από τα πλοία που ναυλοχούσαν στο λιμάνι. Ταυτόχρονα, αλλεπάλληλες εκρήξεις ακούγονταν στην πόλη, από τις οποίες πολλές οικίες καταστράφηκαν και αρκετοί κάτοικοι βρήκαν τον θάνατο.
Στις 1:30 μ.μ. τα τμήματα του αποσπάσματος άρχισαν πυρά πολυβόλων και όλμων εναντίον των αγκυροβολημένων γερμανικών πλοίων. Τα πυρά όμως αυτά δεν ήταν αποτελεσματικά, λόγω του περιορισμένου βεληνεκούς των όπλων του. Στις 4:30 μ.μ., τα τμήματα του αποσπάσματος που βρίσκονταν μέσα στην πόλη, με διαταγή του διοικητή της Ταξιαρχίας Καταδρομών και για να αποφύγουν άσκοπες απώλειες, αποσύρθηκαν στα υψώματα βόρεια της πόλης.
Στο μεταξύ, 50 Ιταλοί, από αυτούς που οι Γερμανοί εγκατέλειψαν στην πόλη, είχαν παραδοθεί χωρίς καμιά αντίσταση.
Μια διμοιρία Καταδρομών του αποσπάσματος παρέμεινε στην πόλη για περιπολίες και για να εμποδίσει την τυχόν απόπειρα εξόδου των Γερμανών από τα πλοία. Η νύχτα της 16ης προς τη 17η Οκτωβρίου πέρασε ήρεμα. Τα γερμανικά πλοία είχαν περιοριστεί στο λιμάνι του Μούδρου, μη μπορώντας να διαφύγουν, αφού έξω από το λιμάνι περιπολούσαν συμμαχικά πολεμικά. Στις 12:30 π.μ. της 17ης του Οκτωβρίου, 5 βρετανικά αεροσκάφη πετούσαν επάνω από την πόλη για αναγνώριση της περιοχής.
Ανάμεσα στα ακρωτήρια Βαροσκόπος και Καβαλάρι της νήσου είχαν αγκυροβολήσει το ελληνικό αντιτορπιλικό «Θεμιστοκλής» και ένα μικρό σκάφος συνοδείας. Το ελληνικό αντιτορπιλικό, με τη συνεργασία των βρετανικών αεροσκαφών άνοιξε πυρ κατά των εχθρικών πλοίων που βρίσκονταν στο λιμάνι του Μούδρου. Η προσβολή των γερμανικών των πλοίων συνεχίστηκε από τα βρετανικά αεροσκάφη με επιτυχία.
Ενόψει της ναυτικής και αεροπορικής προσβολής των γερμανικών πλοίων οι επιχειρήσεις στην ξηρά σταμάτησαν προσωρινά. Τελικά, στις 11:00 π.μ. όλοι οι Γερμανοί που επέβαιναν στα πλοία, όσοι δεν σκοτώθηκαν αναγκάστηκαν να παραδοθούν. Άλλοι 55 άνδρες της φρουράς, από τους οποίους 15 ήταν Ιταλοί, παραδόθηκαν στο απόσπασμα.
Στην επιχείρηση της Λήμνου, οι απώλειες του Ιερού Λόχου ήταν ένας νεκρός, ο υπολοχαγός Παναγιώτης Δημουλάς και ένας τραυματίας. Επίσης, σκοτώθηκαν 15 κάτοικοι από τα πυρά εχθρικών όπλων και ο αριθμός αυτών που καταπλακώθηκαν από τα ερείπια των κατεστραμμένων οικιών έμεινε ανεξακρίβωτος. Από τα εχθρικά πλοία, δύο βυθίσθηκαν και τα άλλα παραδόθηκαν.
Οι Ιερολοχίτες κυρίευσαν 12 πυροβόλα, πολλά πολυβόλα και οπλοπολυβόλα, εκατοντάδες τυφέκια και μεγάλη ποσότητα τροφίμων.
Το απόσπασμα, μετά την παράδοση της εχθρικής φρουράς, παρέμεινε στον Μούδρο μέχρι τις μεσημβρινές ώρες της 17ης Οκτωβρίου. Αμέσως μετά επέστρεψε στη Μύρινα, εκτός από δύο διμοιρίες, οι οποίες πήραν εντολή να παραμείνουν στο νησί για την πλήρη εκκαθάρισή της και την περισυλλογή των λαφύρων.
Η υπόλοιπη δύναμη συγκεντρώθηκε το βράδυ της ίδιας ημέρας, στη Μύρινα και αναχώρησε για τη Χίο, επιστρέφοντας στη βάση της.