Το σκάφος βρισκόταν σε διεθνή χωρικά ύδατα, 25,5 ν.μ. ΒΔ της αιγυπτιακής πόλης Ελ Αρίς της χερσονήσου του Σινά.
Η αμερικανική και η ισραηλινή πλευρά διεξήγαγαν έρευνες για το συμβάν, καταλήγοντας στον χαρακτηρισμό του ως τραγικού λάθους από τη μεριά των ενόπλων δυνάμεων του Ισραήλ και χωρίς την παραπομπή σε δίκη κάποιου από τους εμπλεκόμενους Ισραηλινούς στρατιωτικούς. Το USS Λίμπερτι ήταν ένα τυπικό φορτηγό πλοίο τύπου Λίμπερτι ΙΙ, το οποίο είχε μετατραπεί από το αμερικανικό ναυτικό σε άοπλο πλοίο ναυτικής παρακολούθησης (AGTR).
Λίγο πριν την έναρξη του πολέμου των 6 ημερών το σκάφος διατάχθηκε να σπεύσει στην Ανατ. Μεσόγειο με αποστολή ηλεκτρονικής κατασκοπίας. Με την έναρξη των εχθροπραξιών στις 5/5, το Λίμπερτι έλαβε οδηγίες να κρατήσει απόσταση 6,5 ν.μ. από την αιγυπτιακή ακτή και 12,5 ν.μ. από την ισραηλινή ακτή αντίστοιχα.
Σύμφωνα με το ημερολόγιο του πλοίου, το πρωί της 8/5, σε οκτώ διαφορετικές περιπτώσεις, ισραηλινά αεροσκάφη έκαναν αναγνωριστικές υπερπτήσεις πάνω απ’ το σκάφος. Η μέρα ήταν ηλιόλουστη και όλα τα εμβλήματα του πλοίου, μαζί με μια τεραστίων διαστάσεων αμερικανική σημαία, ήταν σε πλήρη ιστιοφορία.
Παρ’ όλα αυτά, στις 2 μ.μ. τέσσερα ισραηλινά μαχητικά επιτέθηκαν με ρουκέτες, βόμβες ναπάλμ και πολυβολισμούς, και την αεροπορική επίθεση ακολούθησε θαλάσσια επίθεση από τρεις τορπιλακάτους, με πέντε τορπίλες, απ’ τις οποίες μία έπληξε το πλοίο στη δεξιά πλευρά.
Οι Ισραηλινοί έπειτα προσέγγισαν το φλεγόμενο σκάφος και πολυβολούσαν τις ομάδες πυρόσβεσης και διάσωσης που προσπαθούσαν να περιορίσουν τις φωτιές και να απεγκλωβίσουν επιζώντες. Το πλοίο, παρότι σοβαρά χτυπημένο, κατάφερε να παραμείνει στην επιφάνεια και εγκατέλειψε την περιοχή.
Δύο ώρες μετά την επίθεση, το Τελ Αβίβ ενημέρωσε την αμερικανική πρεσβεία για το συμβάν και το απέδωσε στη λάθος αναγνώριση της ταυτότητας του πλοίου. Το εκπληκτικό της υπόθεσης είναι πως αμερικανικά καταδιωκτικά απογειώθηκαν από αεροπλανοφόρο του 6ου Στόλου για να συνδράμουν το Λίμπερτι, αλλά ανακλήθηκαν από ανώτατη αρχή, παρά τις έντονες διαμαρτυρίες του ναυάρχου Κιντ και των επιτελών του.
Το 2002 όμως, σε μια συνέντευξη που έκανε αίσθηση, ο πλοίαρχος του αμερικανικού ναυτικού Γουόρντ Μπόστον, υπασπιστής του ναυάρχου Κιντ, χαρακτήρισε την επίσημη έρευνα των ΗΠΑ για το γεγονός σαν μια «ύπουλη ενέργεια κάλυψης των γεγονότων». Ο Κιντ, ο Γουόρντ, αλλά και η πλειοψηφία του επιτελείου, πίστευαν τότε και πιστεύουν ακόμα πως η επίθεση ήταν προμελετημένη και όχι ατύχημα.