Σύμφωνα με την Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας η απόφαση του 7.9.2016 απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη με την οποία επήλθε ριζική αλλαγή στον χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών στις τάξεις Γ΄ έως ΣΤ του Δημοτικού και του Γυμνάσιου κλονίζει την θρησκευτική χριστιανική και κατά συνέπεια είναι πολλαπλά αντισυνταγματική και αντίθετη στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ).
Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελοπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.λπ. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας καθώς με αυτήν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του», ενώ παράλληλα είναι αντισυνταγματική, αντίθετη στις διεθνείς συμβάσεις και την Ευρωπαϊκή και Ελληνική νομοθεσία.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ σήμερα σε έκτακτη συνεδρίασή της δημοσίευσε την υπ΄ αριθμ. 660/2018 απόφασή της, με πρόεδρο τον Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Ευθύμιο Αντωνόπουλο. Με την απόφαση αυτή ακύρωσε την επίμαχη υπουργική απόφαση. Διευκρινίζεται, ότι η ακύρωση του ΣτΕ αφορά μεν το σύνολο της εν λόγω υπουργικής απόφασης, αλλά δεν αναφέρεται στη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών στο Λύκειο, καθώς για το θέμα αυτό εκκρεμεί άλλη αίτηση ακύρωσης.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας αποφάνθηκαν ότι η απόφαση του Νίκου Φίλη, είναι αντίθετη:
1) στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης, γιατί με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το Δημοτικό και το Γυμνάσιο «φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης, δηλαδή της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης των μαθητών στα ανήκοντα στην επικρατούσα θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού,
2) Στην διάταξη του άρθρου 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, γιατί η προσβαλλόμενη απόφαση θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της Ορθόδοξης Χριστιανικής συνείδησης, καθώς η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση κλονίζει την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, η εισαγόμενη με την προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών είναι ικανή να παρέμβει στον ευαίσθητο ψυχικό κόσμο των μαθητών που δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων και να τους εκτρέψει από την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση και
3) Προσβάλλεται ευθέως το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς το μάθημα αυτό.
Σε άλλο σημείο οι σύμβουλοι Επικρατείας επισημαίνουν ότι προβλεπόμενη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών κατά την απόφαση του Νίκου Φίλη δεν είναι ικανή να ανάπτυξη, εμπεδώσει και να ενισχύσει όπως επιβάλλεται από τη διάταξη του άρθρου 16 του Συντάγματος την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση των μαθητών, γιατί η διάταξη αυτή:
α) είναι ελλιπής κατά περιεχόμενο,
β) δεν είναι αυτοτελής, αμιγής και διακριτική σε σχέση με τη διδασκαλία στοιχείων αναφερομένων σε άλλα δόγματα ή θρησκείες με αποτέλεσμα να προκαλείται σύγχυση στους μαθητές ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας και
γ) δεν είναι επαρκή από την άποψη του χρόνου που διατίθεται για το μάθημα των Θρησκευτικών.
Παράλληλα, σύμφωνα με τους συμβούλους Επικρατείας, το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψει ως προς το περιεχόμενο της Ορθόδοξης Χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς;
– Δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και
– Στη Γ΄ τάξη του Δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.
Όπως αναφέρουν οι σύμβουλοι Επικρατείας, με την απόφασή του ο Νίκος Φίλης επικαλούμενος τη διεθνή επιστημονική συζήτηση καθώς τους στόχους διδασκαλίας των Ευρωπαϊκών μαθημάτων Θρησκευτικών, προσδιορίζει το μάθημα των Θρησκευτικών ως ένα διευρυμένο και με σαφείς θεολογικές προϋποθέσεις μάθημα, ενώ επιδιώκει τη συμμετοχή όλων των παιδιών στο μάθημα των Θρησκευτικών χωρίς καμία διάκριση ανεξάρτητα από τη θρησκευτική πεποιθήσεις τους.