Η ιστορία του ξεκινά το 1994, όταν δυο Αθηναίοι προσάραξαν στον κόλπο Βαλίτσα στο πρώτο πόδι της Χαλκιδικής. Μαγεύτηκαν και αποφάσισαν να κάνουν εκεί ένα ιδιαίτερο ξενοδοχείο.
Ο έρωτάς τους για την περιοχή ήταν κεραυνοβόλος. Σε αυτό βοήθησαν πολύ τα χρώματα του ηλιοβασιλέματος, οι ήχοι των κυμάτων που σκάνε στους βράχους, και το άρωμα από το ρετσίνι των πεύκων. Οι δύο Αθηναίοι αναζητώντας καλύτερη ποιότητα ζωής, αγόρασαν λοιπόν «ένα άχρηστο» κομμάτι γης και ξεκίνησαν να δημιουργούν τον δικό τους παράδεισο.
Πολλοί το έχουν παρομοιάσει με μικρό γαλατικό χωριό, αφού είναι απομονωμένο, κρυμμένο μέσα στο δάσος και απευθύνεται σε κάθε επισκέπτη που σέβεται τον εαυτό του και ιδιαίτερα τη φύση.
Πήρε το όνομά του «Πόρτο Βαλίτσα» από το υπάρχον αρβανίτικο τοπωνύμιο βαλίτσα. Η πιο πιθανή εικασία για την ετυμολογία του «valitsa» τώρα είναι πως προέρχεται εκ παραφθοράς του «vavalitje» ή «vaulitje» που σημαίνει «κυματισμένη θάλασσα».